違いを教えてください。

どちらも「彼はどこから来たのですか？」という意味で、意味に大きな違いはありません。

「Whence did he come?」の whence は「どこから」という意味ですが、古風で文語的な表現です。現代の日常会話ではほとんど使われません。

一方、「Where did he come from?」は現代英語で一般的な自然な表現です。

なので、通常の会話では「Where did he come from?」を使うのが自然かと思います。