違い を英語に訳すと？

「私は騙していたつもりはないです」は、当時ずっとの気持ちや態度を言っています。
これを英語にするなら、行為の途中や状態を表せる 過去進行形の方が適切かともいます。
→I wasn’t trying to deceive you.
※これは「その時、騙そうとしていた状態ではなかった」というニュアンスになります。

一方で、「私は騙したつもりはないです」は、一つの出来事としての結果を否定しています。
これを英語にするなら、単純過去が自然です。
→I didn’t mean to deceive you.
※これは「結果的にそう見えたかもしれないが、騙す意図はなかった」というニュアンスになります。

ですので、おっしゃる通り、【あくまで日本語でのニュアンス】としては、
・「騙していた」は 継続・反復寄り
・「騙した」は 一回の行為寄り
という感覚で問題ありません。

※ただし、これをそのまま英語で考えると少し分かりにくくなります。
なぜなら、【英語は、日本語ほど「継続か一回か」を文法で細かく表す言語ではありません。】
英語の場合は、「継続か一回か」よりも、意図があったかどうかを mean / try などの動詞で示すことに重点が置かれます。