It と that について

▼Itについて
「It」 は質問全文をそのまま指しているわけではないです。
「It」 は 「相手が踏み込んで聞いてきた話題・状況」をまとめて指します。
ただし 「Why are you in disagreement with your wife?」 の文構造そのものを指しているわけではありません。
　→ 意味としては 「（そのこと＝夫婦の問題）は私の問題であって、あなたの問題ではない」。
※「It's my problem why I am in disagreement with my wife.」という風にはなりません。


▼Thatにいいかえられるか
・It：より中立的・客観的。会話の流れで出た「その件」を指す普通の代名詞。
・That：より「相手が言った内容」をピンポイントで指す。やや距離感・冷たさ・強調が出ます。

→ That にすることも可能だが、ニュアンスが少し変わるので、「今あなたが言った その質問 は私の問題であり、あなたが口出しすることじゃない」みたいなニュアンスになります。