That's how it works について
いつもありがとうございます。以前こちらで That's how it works という表現について it が「世の中の仕組み・物事・システム）」を指す表現を教えていただきました。この That's how it works は、it に具体的な指示内容がある場合でも使われるのでしょうか？次の会話は『シャーロック』シーズン2第2話「バスカヴィルの犬」からの引用となります。
ヘンリー：But we saw it! The Hound. Last night. We did!
シャーロック：There was a dog, Henry. Leaving footprints, scaring witnesses. But it was nothing more than an ordinary dog. We both saw it. Saw it as our drugged minds wanted us to see it. Fear and stimulus. That's how it works.
最後の That's how it works は That が Fear and stimulus を指していて、 it は ヘンリーの発言（But we saw it! the Hound. Last night. We did!）を指して、「恐怖と刺激、それがそのからくりだ」のような意味になるのでしょうか？
また、There was a dog, Henry. Leaving footprints, scaring witnesses. は There was a dog leaving footprints, scaring witnesses のように現在分詞が a dog を修飾する文が2文に分けられたものでしょうか？また、現在分詞の意味は「進行」で、もし関係詞節に直したら There was a dog which was leaving footprints, scaring witnesses になるのでしょうか？
お手数ですが教えていただけると大変助かります。
回答
① That’s how it works. の it
この場面の 「That’s how it works.」 は、直前の 「Fear and stimulus.」 に対応していて、
ここでの That は「恐怖と刺激」というメカニズム（＝ 「Fear and stimulus」）を指しています。
一方で it は、抽象的な「その現象／仕組み（= 人間の知覚や錯覚のメカニズム）」を指しています。
なので、おっしゃるように、この it は単に 「the world」 のような一般的構造ではなく、
「直前の話題に即した具体的システム（恐怖による錯覚の仕組み）」を指している、というのが自然な理解です。
② There was a dog, Henry. Leaving footprints, scaring witnesses.
そうでうｓね、これは文法的に言えば 「現在分詞による形容詞的用法の省略」を使った口語的分割構文です。
完全な形にすると、
> There was a dog, Henry, leaving footprints and scaring witnesses.
（足跡を残し、目撃者を怖がらせる犬がいたんだ、ヘンリー。）
となり、 leaving と scaring は共に a dog を修飾しています。
なので、もし関係代名詞を使うとすれば
> There was a dog which was leaving footprints and (which was) scaring witnesses.
とほぼ「同義」になります。
ただし、重要なポイントとして
現在分詞のニュアンスは単なる「進行」よりも 「同時性＋描写的臨場感」 で、
「〜していたところの犬がいた」や「〜しながらいた犬がいた」というように、情景を生々しく描く効果があります。
※関係代名詞で意味的には言い換えできるものの、受け取るニュアンスが異なるので、
シャーロックが生き生きと状況を再構成するように話している口調に合っています。