accept that not everything will go your way の意味は？

この文の accept that not everything will go your way は、
accept（受け入れる）＋ that節（その内容） という構造です。

that節の中の 「go your way」 は「あなたの道に行く」という直訳ではなく、
「物事が自分の望みどおり・思いどおりに進む」 という慣用的な意味を持ちます。
また not everything は「すべてが〜というわけではない」という否定です。

これらを組み合わせると、
「すべての物事が自分の望みどおりに進むわけではない、という事実を受け入れなさい」
という意味になり、これを日本語では自然に「意訳」すると、
「すべてが自分の都合よく進まないことを受け入れなさい」
という風になるからだと思います。

※「自分の都合よく」という表現は英語に直接書かれているわけではなく、
go your way に含まれている意味を日本語として補ったものですね。