あなたはいつよくフルートをふくの？ を英語に訳すと？

いつ吹くの？
When do you play the flute?

よく吹くの？
Do you often play the flute?

上の２つを組み合わせるのは、おっしゃる通り、変です。下のようなことが考えられますが、分かりません。

普段、何時ごろ吹くの？
What time do you usually play the flute?

どんなときに吹くの？
On what occasions do you play the flute?