文の構造

Your flight will leave Miami at nine thirty A.M. instead of seven forty.
というフライト時刻の変更についての案内に対して
Leaving at nine thirty?
と言っているとすると、おそらくこれはひとりごとのように
「え、9時30分だって？」
というように言っているのだと思います。
このひとりごとは完全な文になっていませんので、文にすると、おそらく
Did I hear that my flight is now leaving at nine thirty?
Did they say that my flight is now leaving at nine thirty?
などが考えられます。

ここで leaving と（現在）進行形になっている理由は、
will を使った起こることが確定している未来の出来事とは対象的に、
そういうことになる、そういうハメになる、という意味で現在進行形を使っているからです。