文法

丁寧なご回答ありがとうございます。
ぼんやりとですが全体像はなんとなくつかめたと思います。
Kevin@MusicoLingoさんのいうとおり、あまり深く悩まないようにしたいと思います。ありがとうございました。

ご質問の文にある「that which」の「that」は、「bread」の代名詞です。彼女のパンなのか、それとも店のパンなのか、この「that」１単語だけにそういう意味は含まれていません。その「that」を修飾している言葉、つまり「which you can buy at the store」まで言って、「お店で買えるパン」となります。日本語で「お店で買えるアレ」と言いますよね。その「アレ」がこの 「that」です。それにしても注意してほしいのですが、実生活で「that which…」のように言うことはありません。「what」を使います。ですので、このような悪文には悩まない方が良いと思います。

thatは彼女が作るbreadなんでしょうか？それともお店のbreadなのでしょうか？

the bread she makes
= the bread that she makes
関係代名詞 that が省略

that which you can buy at the store
= the bread which you can buy at the store
bread を二回繰り返さないように代名詞 that に置き換え、それを関係代名詞 which で修飾しています。

という文法的な説明は出来ますが、このような英語は使いません。英語を話さない日本人が作った文のようです。普通は次のように言います。

The bread she makes is much better than what you can buy at the store.

The bread she bakes is much better than what you can buy at the store.

Her homemade bread tastes much better than what you can buy at the store.

Her homemade bread outshines what you can buy at the store.

Her homemade bread is superior to what you can buy at the store.