私は長い間そのように推測していた を英語に訳すと？

I have supposed so for a long time.
ということについて、文法的には間違いないと思います。
しかし違和感を感じるのは、恐らく「suppose」という動詞が、自分から進んで積極的に何かを推測するというよりも、状況などからして結果として自分が何かを推測するに至る、というニュアンスなので、現在完了形という過去の一時点から現在にかけての時間を表す時制を伴うと、状況から推しているようなことがずっと続くということが不自然に思えるからだと思います。
I suppose so. というと、自分では進んでそうだと思うわけじゃないけど、状況などからしてまぁそうなんだろうね、というニュアンスです。

推測するということを表すもうひとつのことばがあって、それは suspect です。
suspect は同じ推測するということでも、自分から進んで積極的に何かを推測する、というニュアンスなので、その行為が過去のある一時点から現在まで続くということに、違和感を感じません。ただし、suspect には自分から積極的に何かを推測するというニュアンスに起因して、疑いの気持ちが入ると解される可能性があります。
I have suspected so for a long time.

他に「推測する」に当てはまる英語があれば、それが行為を表すことばであれば、現在完了の時制にうまく合うのではないかと思います。