回答
＜原文＞
The universe is also so old that even one technological species would have had time to expand and fill the galaxy.
この文章の構成は、
The universe is (also) so old.
How old?
... so old that ~ 節 = 文（主語+動詞の組み合わせ）の中にまたある文（主語+動詞の組み合わせ）で、古いんだからどうこうだ、と言うことを説明する、という感じです。
ご質問がhave hadのところなので、この文中の節となっている部分
Even one technological species would have had time to expand and fill the galaxy.
を見てみます。
この節（文の中にまたある主語+動詞の組み合わせ）の動詞にあたる部分が、
would have had
となっています。これは仮定法過去完了という名前で学校で習う時制の使い方です。
英語の文で過去の表現をする時、それが昔起こったという事実を表す過去である場合と、本当は今そうじゃない（昔そうじゃなかった）んだけど、もしそうだったら、という仮定を表す時に、時制をひとつ過去にズラす場合があります。
仮定法過去、仮定法過去完了、は、その「本当はそうじゃないけど、もしそうだったら」を表現するために時制をひとつ過去にずらす（過去や過去完了という時制を使う）やり方です。
今見ている節を、現在の時制に戻してみます。
Even one technological species has time to expand and fill the galaxy.
これは、時の流れというよりも、一般的にそうだ、という事実を表しています。
つまり、「その時間で銀河系中に拡がって埋め尽くすような、道具を使うことができる生き物（technological species）が１つは存在している。」というような確証のある事実を言ってい流ことになります。
ここで、銀河系中に拡がって埋め尽くす、と言っているアクションについて、これは一般的にそういうものだというよりも、時の流れのある時点から今まで拡張して埋め尽くす、というように、時の幅のあることですので、時の矢印の上で過去のある時点から今まで、ということを表す現在完了がふさわしいでしょう。
ということで、現在完了にしてみます。
Even one technological species has had time to expand and fill the galaxy.
日本語では上とほぼ同じ意味ですが、英語的には、一般的にそういうものである、ということではなく、実際に過去のある一点から現在に至るまでの間に、銀河系中に拡がって埋め尽くすような、道具を使うことができる少なくとも１つの生き物が確かに出現した。
銀河系云々、と言っていますが、人間の既知を超える未知をたくさん含む世界のことですので、現在形（一般的にそういうものだ）や現在完了系（過去から今までの間に何かが起こって今がある）という事実を伝える文だと、「なんでそんなこと言い切れるんだ！証明してみろ！」というツッコミを入れたくなります。
じゃあ、今はそうなってないけど、将来的に（今の時点から未来の時点にかけて）そうなるんだよ、と言うことにして、未来完了形にしてみます。
Even one technological species will have had time to expand and fill the galaxy.
きっと時が経てば、今から将来のどこかの時点までに、道具を使うことができる１つの生き物が、銀河系中に拡がって埋め尽くすことになるよ、と言う意味です。
ここで、主文を見てみます。
主文は、
The universe is also so old.
宇宙はまたとても古い。（宇宙ができてから物凄い時間が経ってる。）
と言っています。ここでalsoが入っているので、宇宙について何か行っていたのでしょう。
ここでとてもと言うことを so で言っているので、その後にどのくらい古いか、とか、それくらい古いんだから〜だろう、みたいなことを言いたいようです。
じゃあ、この主文と未来完了にした節をthatと言う接続詞でくっつけてみます。
The universe is also so old that even one technological species will have had time to expand and fill the galaxy.
また宇宙は誕生してから物凄い時間が経ってるので、今から将来のどこかの時点までに、道具を使うことができる１つの生き物が、銀河系中に拡がって埋め尽くすくらいの時間はたっぷりあるよ。
と、言い切っています。
でもほんまかいな？そう言い切れんの？だって未だにそう言う生物見つかってないやん！って言うチャチャが入ります。つまり、実際にはそんな生物見つかってないやん、と言いたいわけです。
節の部分が確証がない、つまり仮定なわけですから、これを過去にズラします。
The universe is also so old that even one technological species WOULD have had time to expand and fill the galaxy.
また、宇宙ができてからこんなに物凄い時間が経ってるんだから、今までの時点で（←過去にずれた）、道具を使うことができる１つの生き物が、銀河系中に拡がって埋め尽くすってことになってたっていい訳だ（そうなんだけど、実際にはそうなってない、って言うかそういう生物がいるって言う確証はない）。
長い説明になってしまいましたが、どうでしょうか。