itの意味について

treat ～ with the respect it deserves
というこのフレーズには、関係代名詞（省略されている）でつながれた節があります。省略されている関係代名詞を入れると、
treat ～ with the respect (which/that) it deserves となります。
この節の部分を文にすると
It deserves the respect.
となり、主語となる it は主文の treat ～ というところの目的語である ～ の代名詞であることがわかります。