この文の文法の仕組みを教えてください。

主語が長くなり過ぎるからです
英語は頭でっかちやVOCのときにOが長過ぎると順が前後するので今回もそれです

Not a single pebble was found that might have indicated that the pebbles came from the nearby continent.

この文章で that 以下の節がかかっているのは、"not a single pebble was found" という主文全体です。