どうして「in」が最後に来るんですか？

おっしゃる通り、inなどの前置詞の後には名詞が来ます。ただ、この文のように省略されることもあります。

that river is dangerous to swim in (that river )というように意味的には最後にthat riverを補って考えます。

日本語でも、「あの川は中で泳ぐには危険だ」と言いますが、あえてとても丁寧に書くとすれば「あの川は(その川の)中で泳ぐには危険だ」となると思います。英語でも日本語でも、同じことは何度も言うとくどいので省かれているのです。
※日本語の場合「中で」も省略されることが多いと思いますが、私の知る限りでは英語でinまで省略している文は見たことがないです。
お役に立てていれば幸いです。