なぜ「it」なのかわかりません

ていねいに解説していただき、ありがとうございます。勉強になります！

この文は関係代名詞 that を省略しています。it は代名詞で、X を指しています。

X is moving beyond the outdated distribution system (that) it has had in place since the company was founded.

これを、関係代名詞を使わずに、二つの文に分けると：

X is moving beyond the outdated distribution system.

It has had the outdated distribution system in place since the company was founded.

会社のことを話すときには、単数形の it ではなく、複数形の they を使うことが多いです。会社を１集団（単数）と捉えるか、働いている人達（複数）と捉えるかの違いです。

関係代名詞 that は省略されることが多いです。できるだけたくさんの例文に触れて、関係代名詞を使わない形に慣れましょう。

He lost his wallet that he had kept in his backpack.

He lost his wallet he had kept in his backpack.