カンマは主文に句や節をつける場合や、同じ品詞のことばを並列捺せたりする時に使います。
この場合、
In Japan, many high school students study late into the night.
とカンマを入れるのが一般的です。
カンマを入れなければ
Many high school students study late into the night in Japan.
と後ろへもってくればいいわけですが、「日本では」ということを強調したいときには、それを先に言いたいので、前に持ってきてカンマを打ちます。