命令文の語順

英語の文では、主語の前に動詞を持ってくることで疑問文ができます。
英語の文では、ひとつの文（文頭からピリオドを打つまで）の中に複数の疑問文を入れないルールになっています。
ですので、Tell me ~ と続く場合は、文頭からピリオドを打つまでの（命令）文の中のことなので、~ のところは平叙文の語順になります。

この例では「Are you Japanese?」ということを「Tell me」と言うわけですが、
Tell me you are Japanese. というと「You are Japanese. という事実（疑問ではなく）について私に言いなさい、証言しなさい」というような感じになって、You are Japanese.であることが不動の事実であることの確認となります。あなた日本人なんでしょ。という感じです。

「〜かどうか（ tell me しなさい）」ということを意味的に付け加えるのであれば、if などの疑問詞を接続詞のような感じで使います。
Tell me if you are Japanese.「あなたが日本人であるかどうか私に言いなさい。」

Tell me you are Japanese. の「you are Japanese」も、Tell me if you are Japanese. の「if you are Japanese」も、もともと疑問文ではないので、間接疑問文でもなく、主文の中の単なる従属節です。

口語的ですが、これを So, tell me, are you Japanese? などとすることもできます。厳密にいうと tell me で文が終わっていて、そのあとにカンマで区切って、疑問文をそのまま入れています。そうすると「ねぇ、あなた日本人なんでしょ？」という感じになります。

Tell me. に What are your plans for today? という疑問文をくっつけるのであれば、疑問文の語順を平叙文になおして
Tell me what your plans are for today.
となり、この what... の部分が間接疑問文（主文にくっついて平叙文の語順になってるけどもともとは疑問文）となります。
この例でも、So, tell me, what are your plans for today? 「ねぇ、あなた今日はどんな予定？」とすることができます。