学校はどこに行っていますか？の英語

“Where school do you go?”は英文法的にNGです。

まず、疑問詞で使われる“where”は、必ず次に動詞がくる決まりです。名詞がくることはありません。
【例】
Where is your father?
（お父さんはどこ？）
Where did you go last night?
（昨夜はどこに行ったの？

また、”to go”は後に名詞が続く場合（この文章では “school”です）、必ずあとに”to”をつけなければいけません。
以上を踏まえて、他の言い方としては以下の表現があります。

“Which school do you go to?”
「どの学校に行っていますか？」

“which”は「どの～」という意味で、一定数のなかから一つを選ぶときに使われます。

以上、ご参考になれば幸いです。