完了形

二つ目の文は Did.... の間違いですね。
　Has the train from Osaka arrived yet?
　Did the train from Osaka arrive yet?
違いは僅かです。強いて日本語にするなら、「到着完了した」と「到着した」の違いです。大抵のアメリカ人は意識せずに全く同じ意味のように使っていて、特に会話では現在完了形を使わずに、過去形にしてしまう傾向があります。
　Have you eaten lunch yet?　ランチ済ませた？
　Did you eat lunch yet?　ランチ食べた？