接続詞は並べて使えますか？

It is because, if he had known that, he would not have shot her.

It is because he would not have shot her if he had known that.

(1) because の後に if を持って来てもいいですが、コンマで if 節を囲みます。口頭で話すときには、if 節の前後で短くポーズします。

(2) 過去に起きた出来事と反対のことを言っているので、仮定法過去完了になります。

(3) because で始まるのは完全な文ではないので、文法的な間違いです。アメリカの高校や大学では減点されますが、日本では教えられていないかもしれません。日常の会話では問題ありません。