回答
こんにちは。
Did you study Japanese before you moved to Japan?
は、単純過去で、あなたが日本に引っ越した時と、それ以前にあなたが日本語を勉強していた時とを、ひとまとめに漠然と大まかに過去として捉えています。
Had you studied Japanese before you moved to Japan?
は、過去完了で、あなたが日本に引っ越した時点を過去として、それ以前にあなたが日本語を勉強していた(つまり、あなたが日本にくる前のある時点から日本にきた時点までの間)、と、時の整理をきっちりさせて捉えています。
どちらも間違えではありませんが、最初の例の方がより口語的で一般的です。後の方の例の言い方も時の違いをはっきりさせたい時にはよく使われます。
過去形は過去の一点を差します。
逆に、過去完了は大過去(過去の一点より以前の一点)~過去の一点までの期間を差します。
つまり、
Did you study Japanese before you moved to Japan?
「あなたは、日本に来る前に日本語を勉強しましたか?」(単に、日本に来る前という一点を指して、その時日本語を勉強したのかを聞いています)
例) 日本に来る前(1年前)に、日本語を勉強していたのか?
Had you studied Japanese before you moved to Japan?
「あなたは、日本に来る前に日本語を(ずっと)勉強していましたか?」(日本に来る前よりも前~日本に来る前までの間に継続して勉強していたのかを聞いています)
例)3年前~日本に来るまで(1年前)まで日本語を継続して勉強していたのか