疑問詞が主語の文

What stopped? という質問の "stop" という動詞と、
What stopped it? という質問の "stop" では、意味が違います。

What stopped? という質問には、stop (what?) にあたる目的語がありませんので、この stop という動詞は自動詞、つまり目的語を必要としない動詞、ということになります。stop という動詞を自動詞として使うと、（主語であるものごとが）止まる、止む、という意味になります。

What stopped it? という質問には、stop (it) という目的語がありますので、この stop という動詞は他動詞、つまり目的語を必要とする動詞、ということになります。stop をいう動詞を他動詞として使うと、（目的語であるものごとを）止める、という意味になります。

ですので、What stopped? という質問を「何を止めたのか？」という目的語を問う質問として理解することはできず、「何が止まったのか？何が止んだのか？」という意味として理解されることになります。