自動運転車のメリット、デメリット を英語に訳すと？

お二方、ありがとうございました。

どちらも正しいです。このような現象が起きるのは、A = B を、B = A と言い換えても、趣旨が同じときです。例えば自動運転のメリットの話で、A を safety とし、B を the advantage としましょう。次の二文は同じことを表現しています。

Safety is the advantage.
The advantage is safety.

つまり、is の主語は、the advantage でも safety でも良いのです。ではこれを、「メリットは何だと思いますか」という疑問文にして、回答してみましょう。二通りできます。

What do you think is the advantage?
I think (that) safety is the advantage.

What do you think the advantage is?
I think (that) the advantage is safety.

同じことですよね。さて、ご質問の文ですが、主語が長いです。長い主語のときには、動詞を前に持って来るほうが分かりやすいです。つまり、前者の方が好まれます。

気を付けないといけないのは、A = B を B= A と言い換えられないときです。例えば、A を you とし、B を the kingとします。

正: You are the king.
誤: The king is you.

ひょっとしたら日本語で「王様はあなたです」と言えるのかもしれませんが、英語では慣例的に “You are the king.” としか言いません。そのため、疑問文もその回答も、一通りしかありません。これは、先に Dimples さんが例として挙げておられる、Who do you think you are? に当てはまります。

正:
Who do you think you are?
I think (that) I am the king.

誤:
Who do you think are you?
I think (that) the king is me.

なお、ご質問中の文で、advantage と advantage は複数の s が必要です。自動運転（autonomous driving）には複数のメリットとデメリットがあるからです。

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この文を、わかりやすくWhat are they?という短い文にして説明させてください。

文法的には間接疑問文の一種と考えて
What do you think they are?が正しいと思います。

よく使われるフレーズに
Who do you think you are?（何様のつもり？）
があります。

疑問文でなければ例えばI thinkを、語順を変えずそのまま挿入できます。
What I think is important is love.など。