過去形と現在完了形の使い分け

Did you go to the doctor?
-> 例えば、相手は行くつもりだったが、行ったかどうか知りたい時に使う。

Have you gone to the doctor?
-> 例えば、相手が体の調子が悪そうやケガしているが、医者に相談したか知りたい時に使う。

因みに、Did you see the doctor? Have you seen the (又はa) doctor?の方が普通と思います。

Did you go to the store today? (今日、買い物行った？)
Have you been to that store? (あの店は行ったことある？)

Did you try the natto? (納豆があるけど、試した？)
Have you tried natto? (納豆試したことある？)