2つの文の違いは？

①The researchers had two handbooks published. であれば、直訳すると、
研究者たちが、2冊の手引き書を出版させた。
つまり、研究者たちによる2冊の手引き書が出版された。
ということになります。（研究者たちが直接出版したわけではない。）

②The researchers had published two handbooks. であれば、
研究者たちが2冊の手引き書を出版した。
つまり、研究者たちが自分たちで直接出版した、と言っています。