I am waiting your reply. の意味は？

I am waiting your reply.
I await your reply.

上記、どちらも他動詞で、その後に目的語があるのは、文法的に正しいです。問題ありません。

しかし、ひょっとしたら、日本の中学、高校では、「wait for…」という自動詞としての使い方しか習わないかもしれません。そのため、日本の文法試験で誤りかどうかというと、その試験がどの学習レベルを対象にしているかによるような気がします。

「私はあなたの返信を待っています。」と言う訳になります。