I have lived in Kyoto for two years. の意味は？

have lived、で現在完了です。
今も含めて2年間京都に住んでいる、という文になります。

過去に住んでいて今は住んでいなければ単純過去で
I lived in Kyoto for two years.となります。

このサイトで翻訳したら、「私は、2年京都に住んでいました。」になりましたよ。