Nice to see you again!の返事。は英語でどう言うの？

まず、「Nice to see you again!」は「It is nice to see you again!」の省略表現です。

★Yes, it is!
（はい、そうですね！）
少し硬い表現ですが、同意を示すことができる表現です。
冒頭にある通り、「It is」が省略されている表現なので、返答は「it is」で返します。

★I know!
（そうだよね！）
友達などの仲がいい間柄で使える表現です。
日本語でいう「それな！」的なニュアンスです。
「I know, right?」だと、「まじそれな！」という意味になります。

★Indeed!
（全くだ！）
少し古い表現ではありますが、相手の言葉を肯定するときに使われる強調の表現です。
相手の意見に強く同意するときなどにも使われます。