Why is the train the way it is？

「the way it is」を文法的に考えるのは、あまり価値がないと思います。慣用句として、そのまま覚えてしまう方が楽ですよ。日本語にも訳しにくいです。以下参考まで。

I love the way you are.
そのままのあなたが大好き。

That’s the way he is.
彼はああいうやつなんだよ。