alreadyについて。

完了形や過去形だけでなく、現在形でも already を使います。この already は完了形と組み合わせて覚えた方が分かりやすいので、ひょっとしたら日本の学校では、完了形にだけ使うかのように教えられているのかもしれません。

それより、ご質問にある二つの文は、意味が異なるのをご理解なさっておられますか。正しい意味になるように、時制を選ぶことが大切です。

It was already dark.
すでに暗かった。（過去の１時点）

It had been already dark.
すでに暗くなっていた。（過去の１時点に立って、それまでの様子を見ている）

It has been already dark.
すでに暗くなっている。（現在の視点から、今までの様子を見ている）

It is already dark.
すでに暗い。（現在）

Of course. It is 9 o’clock already.
そりゃそうだ。もう９時だよ。（現在）

話し言葉では、本来は完了形を使うべきの意味なのに、過去形や現在形を使うことが、よくあります。間違っているという意識なく使われていますが、文字に書くと正しくなったりします。英語を学習する上では、それぞれの時制が持つ意味合いを理解しましょう。

Weblio（研究社 新英和中辞典）でも already にいろいろ例文が載っています。