he found the book he look for なぜこの順番になるのでしょうか？

まず、“he look for” を直させてください。探していたのは、見つけた時点より前なので、過去完了進行形になります。

He found the book he had been looking for.

関係代名詞 that が省略されているので、順番に疑問を持たれているのかもしれません。

He found the book that he had been looking for.

that 以降で、どのような book なのか説明しています。これでお分かりになりますでしょうか。