let there be a carnage. の意味は？

let there be ~ というと、〜がありますように、〜あれ、というような意味で使われることが多いと思います。
let there be no ~ というと、〜が決してありませんように、という意味です。
どちらも文語的というか、話し言葉としてはあまり使われず、スローガン的に使われることが多いと思います。
let there be carnage と言えば、carnage は本来であれば望むようなことではないので、皮肉というかシニカルな感じで「大虐殺が引き起こされても仕方がないぞ」というような意味になるかと思いますので、おっしゃる通り「虐殺があるままにしておけ」という意味になると思います。
carnage は不可算名詞（one carnage, two carnages, many carnagesなどと数えられない）ので、Let there be carnage. となると思います。