pay with を英語に訳すと？

pay inは「（現金で）支払いする」の一般的表現です。

pay withは「〜を使って支払いする」のニュアンスが強いです。小切手や現金、仮想通貨、クレジットカードをwithの後に置いて表現出来ます。

普通の支払いはpay in、違う決済方法はpay withと考えておけば大丈夫かと。