whearesの後の続く文の構造について

Aquapure is a producer of water filters, whereas the company it plans on merging with manufactures heating appliances

という文を見たのですが、whearesの後の文ではthe companyが主語でit〜withが修飾句らしいのですが、目的格の代名詞を省略しているということでしょうか？