withとtogetherの違い

with も together も、日本語で「いっしょに」とか「共に」とかいう訳がつきますが、ことばとしての使い方が違います。

with は 前置詞 という種類の使い方ができることばで、もの・こと・ひとなどをあらわすことば（名詞）の前に置いて、〜といっしょに、という意味にするためのことばです。
I would like my coffee with milk, please.
I came to Australia with my family.

together は、副詞という種類の使い方ができることばで、文の中で言われていることについて、「いっしょに〜だ、しよう」「ともに〜だ、しよう」という意味にするためのことばです。
Masa and I study English together in the same class.
この場合、together なのは文の動詞になっている study ですが、前置詞 with のようにその言葉のすぐ前に置かないといけない、ということはなくて、その文の中で意味が通じるように（この場合は Masa and I study English という文について together だと言っている）たいていの場合は文の後のほうに置きます。
Together, Masa and I study English in the same class.
と文の前に出して言うこともできます（副詞を文の前に出すとカンマがいることに注意）。