I got it. は、相手が言った内容について了解したことを言うカジュアルな返事です。
同じくカジュアルに使われる了解の表現として、
OK.
Alright.
などがあります。
I see. は、相手が言ったことについて理解や同意したかどうかに拘らず、とにかく言っていることはわかった、という返事です。
I understand. は、相手に同情する時の返事です。
Understood. と言えば、命令を聞き入れたという意味での「わかりました」です。
Certainly. は謙って「かしこまりました」という返事です。