【教えて下さい】「I'd rather she be wi...」の意味

indigo la Endの「夢のあとから」ですね。僕も好きです。ほとんど合っていると思います。

ただ歌詞カードでは、「I'd rather she be with me」と「Only that」の間で改行されているので、別々の文章かもしれません。

「I'd rather she be with me」は、
「彼女が僕と一緒にいるといいんだけど」みたいな訳だと思います。

「'd rather」は「would rather ～」の略で、「むしろ～であればよいのだが」という意味です。～部分に相手に望む内容が続くのですが、基本的に動詞は過去形・過去分子形になります。今回は現在形のbeのままですが、歌い易さや聴こえの良さから文法を崩すことは、歌ではよくあることです。

そして「Only that」は「それだけだよ」という訳だと思います。
indigoの「幸せが溢れたら」の最後の「それだけだよ　それだけなんだよ」みたいなニュアンスでしょう。

この詞を書いた本人のワードセンスからして、もう少し異なるニュアンスかもしれません。僕なりの訳ですが、どうかご参考ください。