【教えて下さい】「It is 4:00a.m now」の意味

「今、午後４時です。」が正解です。
ここで使うitは時間、天気を表すitで、訳さないものです。日本語に訳さないitは、形式主語といい、不定詞、動名詞、that節、that節以外の名詞節、語句などを代表し、主語が長いことを嫌う英語ではよく用いられます。

形式主語(=仮主語)を用いた文における、「不定詞、動名詞、～語句など」の内容が真主語、つまりit(仮主語)に置き換えられなければ文頭に来るはずだった、本当の主語ということになります。