この英語、文法上は正しいようなのですが、どういう構造なのでしょうか

あくまでも想像ですが、この人は、how the purchase orders と言いかけたけれども、それをやめて、how pricing is done in a purchase order に言い換えたのではないでしょうか。日常的によくあることです。日本語では「もとい」という便利な言葉がありますね。英語では no, I mean... のような感じです。

It will control how the purchase orders..., no, I mean, how pricing is done in a purchase order.

言いたいのは、
It will control how pricing is done in a purchase order.
それによって、注文書の価格設定をコントロールします。

Grammarly がこれを問題なしとしているのは問題だと思います。

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