回答
一つ目の場合、慣れるまでは、have [həv] は 母音 [ə] だけが聴こえれば十分です。一音節ですし、英語の子音 h は日本語ハ行の子音より弱く、v は上前歯が下唇にあたるだけです。しかもこの場合 have は強調して発音する必要がないので、ますます弱いです。
二つ目の isn't [iznt] は、is の後に、鼻から出る音が一瞬聴こえれば十分です。 sの後にも、nの後にも、tの後にも母音がありません。これも一音節ですし、n と t は舌先を上の歯茎に当てたままになるため、口から空気が出ず、ハミングのように鼻からかすかに出る空気が音になっています。
以下を聴き比べられる方法があれば、分かりやすいと思います。
..... could have gone better.
..... could not have gone better.
He is good.....
He isn't good.....
こんにちは。
一番最初の have が聞こえない問題についてですが、それはどのような教材でしょうか？Google 翻訳でその文を読み上げさせても、はっきり have は聞こえますが、もしそれでも聞き取れない場合は、スロー再生（Google 翻訳は２回目からスロー再生になります）をしてみて、聞き取れるくらいのスピードを見つけたら、その音源と一緒に音読してみましょう。そして、どのように have が発音されているのかを確認しましょう。
次に isn't が is に聞こえてしまう問題ですが、これは本当に慣れていないと難しいです。そこで、僕からお勧めできる方法は、「isn't の場合は、その後の単語の前に一瞬間がある」ということを気にするということです。can't と can の聞き分け問題によく似ていますので、次の動画を参考にしてみるといいと思いますよ。この動画では、音読コーナーもあるので、それで（とても速いですが）うまく発音できるまで何度も何度も音読してみることです。
（https://www.youtube.com/watch?v=pYXNu7NDCDY）
発音できないものは聞き取れません。音読の練習を重ねて重ねて、英語舌をつくりましょう！