The shoes is a bit narrow but make it snug nicely.
= The shoes is a bit narrow, but (the shoes) make it snug nicely.
このmake it の it は動詞 make の目的語です。make (something) snug ということなのですが、この文では something のところで具体的ななにかを言いたいわけではないので、形式的に必要となる目的語(形式目的語)として it を入れています。