文中にthat節でないSVが現れた？

ありがとうございました！

先行詞の the emphasis が you placed の目的格(語)であるため、the emphasis (that) you placed の that (関係代名詞) が省略できるのだと思います。(that) 以下の文章は不完全(the emphasis が抜けている) なので(that) は接続詞ではなく、関係代名詞です。

元の文章は、"You placed the emphasis on the significant impact that our expansion will have on the local economy." です。 placed the emphasis on ～ で、～を強調した、となるので、「我々の拡張（施設とか組織とか）が地域経済に重大な影響をおよぼすであろうということをあなたが強調されたこと」に対して We wish thank you for 「感謝をしている」のだと思います。