回答
正しいのは
She knows where my dad is.
のほうです。
英語の文には必ず主語と動詞が入っています。
英語（肯定文）では、主語をまず置いて、その後で動詞を置くという順番になっています。
英語の文でその順番を変えて、主語の前に動詞（または助動詞）を置くと、疑問文になります。
文中の動詞が be動詞の場合は、be動詞をそのまま主語の前に置くと疑問文になります。
文中の動詞が be動詞以外（一般動詞）であれば、その一般動詞についている助動詞（do, can, will... など）を主語の前に置くと疑問文になります。
英語の文の中にまた文（主語と動詞のセット）を置くことができます。これを節と呼びます。
英語の文（主語と動詞のセット）が疑問文の場合、その疑問文を別の文の中に入れたりつなげたりして節にする場合は、その疑問文の順番を肯定文の順番にもどすというルールがあります。これはその疑問が主文ではなく、その疑問についてどうだという文であることを示すための工夫です。
My dad [is] <here>.「私の父はここにいます。」
→疑問文にするために、be動詞を主語の前に置きます。
[Is] my dad <here>?「私の父はここにいますか。」
→その疑問文の here を問うために、where に置き換えて前に出します。
<Where> [is] my dad?「私の父はどこにいますか。」
この「私の父はどこにいますか。」という疑問について、彼女が知っている she knows である、と言う場合には、この「私の父はどこにいますか。Where is my dad? 」という疑問文の順序を肯定文の順序に戻すために、be動詞を主語の後に戻して、she knows につなげます。
She knows <where> my dad [is].「彼女は私の父がどこにいるか知っています。」
これを順番を変えずに
She knows <where> [is] my dad.
とやってしまうと、文の中に疑問文がまたできてしまい、日本語でいうと
「彼女は 私の父はどこにいます "か" 知っています。」
というような変な文になってしまいます。
つまり、疑問文を文中の節にする場合には、主語と動詞の順番を戻すことで主文につながる節にする、というルールです。
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She like[s] <this> colour.
→ She [does] like <this> colour.
→ [Does] she like <this> colour?
→ <Which> colour [does] she like?
→ I don't know <which> colour she [does] like.
→ I don't know <which> colour she like[s].