次の２文の違いを教えてください。

all of the money he had. は「持っていた有り金全部」で持っている金額の多寡は関係ないとおもいます。
一方what little money he had.は「少ないながらも持っていた全部のお金を」または「なけなしのお金を」と持っていたのが少額という意味が加わります。
ここでのwhatは関係形容詞と呼ばれるものでwhat little [few] 名詞、の形で今回のような意味が加わります。