疑問代名詞の疑問文は関係代名詞の目的格のような使い方をするのですか？

疑問文の疑問代名詞がその文の目的語の部分をたずねているのであれば、それを主文に関係代名詞で繋ぐ際に目的格としてその節の前に出てきます。

He met Sam yesterday.
He did meet (whom) yesterday.
Who(m) did he meet yesterday?

Do you know who he met yesterday? ←問いが主文の従属節になると疑問形が肯定文の形に戻ります。