回答
動物を保護するために、動物が住みやすい環境をつくるべき。
I think we should make the environment what animals are living comfortable, in order to protect animals.
文頭の "I think" ですが、日本語の「〜だと思います」という感じでつけたくなるんですが、特に「私がそう考えてる」って言いたいとき以外、つまりそれが私の考えだっていうことが自明な時には、英語では不要なことがほとんどです。
We should make the environment 〜 私たちは環境を〜つくるべきだ。
この〜のところに、what animals are living comfortableを持ってくると、animals are living comfortable ( ) what となって、what「で」が抜けているので どこでという関係副詞の where（または in which という関係代名詞も使えます）にして、そして生きているという意味でlivingと進行形にする必要はないこと、さらに快適「に」生きるという副詞であれば comfortably となりますので、それらを合わせて、where animals live comfortably とする方法があります。また、つくるは make より create のほうがないものを作る・創出するという意味になります。
最後の in order to protect animals の「in order to」は、〜する目的で、という意味ですが、文末に置くとprotect animalsする主語としてのweとかなり離れてしまうので、文頭にもってきます。そうすると、animals が重複して出てきますので、後に出てくるanimals はtheyと代名詞を使います。
In order to protect animals, we should create the environment where they live comfortably.