How often do they run?

バスは何台も走っていますよね。だから they です。もし it だったら、今去っていったそのバス（その車両）を指します。the bus も同じです。

もしその路線にバスが１台だけが走っているのなら、it や the bus になりますが、大抵の路線は、複数のバスが運行していると思います。