It was just two of us ! のit とは

文脈によります。直訳は「私たち二人だけだった！」ということですが、 it が指しているのは、この文の後に関係代名詞で付け加えられる内容ですが、それは文脈から察してみてください。

例えば、
Julie and I studied very hard last week, and we passed the test. It was just two of us (who passed the test)!
ジュリーと私は先週がんばって勉強したので試験に合格した。（試験に合格したのは）私たち二人だけだった！

It が指しているのは、カッコで囲んだ部分です。