It wasn’t long before he came again の意味は？

It wasn't long beforeを「まもなくして」と訳すと自然かと思います。

It wasn’t long before he came again.
まもなくして彼がまた来た。

It wasn’t long before he came again.
この文章の主語は it です。英語の文章には必ず主語と動詞がないといけないのですが、この場合は漠然と時を表す文ですので、形式的に it を主語に置いて（形式主語の it ）時が not long before ～ だと言っています。
before ～ については、he came again と言っていますので、彼が再来した以前、ということになります。
直訳すると、彼が再来した以前には長い時間がなかった。
つまり、彼が再来してからあまり時を経ていなかった。彼が再来してからすぐ後であった。
というような意味になります。（もっと上手な日本語訳があると思いますが）