It's not imagination の意味は？

「(あなたの)ただの想像ではない」→「想像ではなく事実だ」というような理由で「気のせいではない」は正しい訳です。個人的には It's not (just) your imagination. や You're not imagining this. のような形で使われることが多い印象です。これらの形だと「気のせいではない」の訳がよりしっくりくるのではないでしょうか。ご参考になれば幸いです。