The chances are that　と　 chances are that

使われていた文全体がわからないので、違う可能性もありますが、一般的には “The chances” の方はそのchancesが指しているものを特定していて、それをまとめてひとつの塊として”The chances” と言っていると思います。”chances are”は一般的なchancesなのか、どんなchancesなのか特定はできていないchanceがたくさんあり、それを指していると思います。